Yatağan tarihi ve Muğla tarihi genel olarak birlikte anılmaktadır. Yerleşimin olduğu ilk zamanlarda Karia olarak adlandırılan il daha sonra ki zamanlarda ise Menteşe olarak anılmıştır. Bu bölgeye ilk yerleşim ise Lelegler ve Karialar tarafından gerçekleştirilmiştir.
Kariaların ardından sırasıyla Persler, Büyük İskender, Bergama Krallığı, Roma İmparatorluğu, Bizans İmparatorluğu’nun hâkimiyeti altında yönetilmeye devam edilir. Burası Batı Anadolu’da Türklerin hâkimiyeti altına giren ilk toprak parçasıdır. Menteşe Beyliği’nin 1389 yılına kadar süren hâkimiyetinin ardından 1391 yılında Yıldırım Bayezid zamanında Karia Osmanlı hâkimiyeti altına girmiştir. İlçeye 1944 yılında Yatağan Dağı’nın ismi verilerek ilçe olarak kabul edilmiştir.
Birçok medeniyete ev sahipliği yapmış olan Yatağan’da antik kentler ile beraber tarihi noktaları da görebilmek mümkündür. Birçoğu bilinmeyen bu antik kentlerin bazıları ilk yerleşkenin olduğu zamanlardan kalmıştır.
Stratonikeia Antik Kenti
Stratonikeia Antik Kent Kalıntılarıİlçe merkezinden yaklaşık 14 kilometre uzaklıkta bulunan Stratonikeia Karia bölgesinin önemli yerleşim noktalarından biridir. Eski adı İdrias olan antik kentin M.Ö 281 – 261 yılları arasında kurulduğu tahmin edilmektedir. Seleukos kralı Antiokhos’un karısı Stratonike adına yaptırılan kent içinde kale yıkıntılarını, büyük kaya bloklardan yapılmış ana giriş kapısını, kutsal yol üzerinde oda mezarları ve tiyatroyu görebilmek mümkündür.
Lagina Antik Kenti
Lagina Antik Kent KalıntılarıYatağan merkezine 12 kilometre uzaklıkta bulunan Lagina Antik Kenti Karialılar için kutsal olan önemli şehirlerden biridir. Eski dönemde ay ışığı tanrıçası Hakate adına yaptırılan tapınak M.Ö 40 yılında Partlar tarafından yıkılmasının ardından harabeye dönüşmüş ve çürümüştür. Lagina ve Stratonikeia antik kentleri arasında bulunan Kutsal Yol ile iki şehir birbirine bağlanmıştır.
Gerga Antik Kenti
Gerga Antik Kent Kalıntılarıİlçe merkezinden yaklaşık 20 kilometre uzaklıkta bulunan antik kente ulaşım oldukça karmaşıktır bu yüzden bir rehber ile gezilmelidir. Bölgede bilinen en garip yerleşim yerlerinden biri olan Gerga Antik Kenti’nin eski adı ise Gergakome’dir.
Roma dönemi başlangıcı zamanına kadar burada insanların yaşadığı ve bu halkın şehrin ortasına tanrıça heykeli diktiği tahmin edilmektedir. Heykel etrafında mezarlar ve çeşmeler olduğu bilinmektedir.
Yaylaköy Kilisesi
Yayla Köy Kalıntılarıİlçe merkezinden 9 kilometre mesafede bulunan kilise Rumlar tarafından 9. yy’da yapılmıştır. İlgisizlik ve doğal nedenlerden dolayı boyası ve sarkıtları çürüyen kilise günümüzde harabe haldedir.
İnce Kemer Köprüsü
İnce Kemer Köprüsü KalıntılarıDere üzerinde kurulan sıradan bir köprüden ziyade su kanalı olarak kullanılan İnce Kemer Köprüsü M.Ö 1. yy’da yapılmıştır. Eski dönemde adı Alabanda olan köprü doğu tarafında bulunan tatlı suyun taşınması amacıyla yapılmıştır. 21 kilometre uzunluğunda dikdörtgen kanallara sahip olan köprü ile şehir halkının su ihtiyacı giderilmiştir.
Panarama Antik Kenti
İlçeden yaklaşık olarak 14 kilometre uzaklıkta bulunan Panamara Antik Kenti’nin, Stratonikeia Antik Kenti ile kutsal bir bağ ile bağlı olduğu düşünülmektedir. Dini tören ve şenliklere ev sahipliği yaptığı bilinen şehirde Paramara Şenlikleri ile beraber Hera Şenliği düzenlendiği bilinmektedir. Bununla beraber Zeus adına yapılan Komyria Şenliği’nde ise her 4 yılda bir düzenlenerek kurban verilmiştir.
